Οι λοιμώξεις αυτές μπορούν να προσβάλλουν τον εγκέφαλο, τις μήνιγγες, το εγκεφαλονωτιαίο υγρό, τους περιβάλλοντες ιστούς και τα οστά του κρανίου και της σπονδυλικής στήλης, καθώς και τους χώρους ανάμεσα στις δομές αυτές. Το αίτιο μπορεί να είναι κάποιο μικρόβιο, ιός ή μύκητας. Οι λοιμώξεις μερικές φορές μπορεί να είναι αποτέλεσμα ανοιχτού τραυματισμού, επέκτασης της λοίμωξης από γειτονικούς ιστούς (ωτίτιδες, φλεγμονές των δοντιών κλπ.) ή και μετεγχειρητική επιπλοκή. Η έγκαιρη διάγνωση και η κατάλληλη θεραπεία μπορεί να σώσει τη ζωή του ασθενούς και να αποτρέψει την εγκατάσταση μιας βαρειάς νευρολογικής αναπηρίας.
Ιογενείς λοιμώξεις
Υπάρχουν ιοί, όπως ο ιός τύπου Ι του απλού έρπητα (HSV I), που υπάρχουν ούτως ή άλλως στον οργανισμό των περισσότερων ατόμων. Μερικές φορές ο ιός ενεργοποιείται ή οι άμυνες του οργανισμού εξασθενούν, με αποτέλεσμα την εκδήλωση λοίμωξης. Ο ιός μπορεί να προσβάλλει περιφερικά νεύρα προκαλώντας ισχυρό πόνο στην κατανομή του νεύρου και δερματικό εξάνθημα. Αν προσβληθεί ο εγκέφαλος τότε προκαλείται εγκεφαλίτιδα, που πρέπει να διαγνωστεί και να αντιμετωπιστεί έγκαιρα. Η διαγνωστική των λοιμώξεων αυτών απαιτεί αξονική/μαγνητική τομογραφία και οσφυονωτιαία παρακέντηση. Τα κλινικά συμπτώματα είναι η διαταραχή της συμπεριφοράς, επιληπτικές κρίσεις, ισχυρός πονοκέφαλος, υπνηλία, αδυναμία της μιας πλευράς του σώματος και άλλα. Η θεραπεία γίνεται με αντι-ιικά φάρμακα. Άλλοι ιοί που προκαλούν παρόμοιες λοιμώξεις είναι ο HSV 2, ο ιός του AIDS (HIV) και άλλοι.
Μικροβιακές λοιμώξεις
Εδώ περιλαμβάνονται οι λοιμώξεις των μηνίγγων (μηνιγγίτιδες) που είναι οι συχνότερες λοιμώξεις του κεντρικού νευρικού συστήματος που προσβάλλουν βρέφη, παιδιά και ενήλικες. Τα μικρόβια που ευθύνονται συνήθως είναι ο στρεπτόκοκκος, ο πνευμονιόκοκκος (μηνιγγιτιδόκοκκος), αιμόφιλος και σπανιότερα η λιστέρια, η Escherichia Coli και άλλα. Η ταχεία διάγνωση και η άμεση έναρξη αντιβιοτικών σώζουν τη ζωή του ασθενούς.
Παρασιτικές λοιμώξεις
Παλαιότερα ήταν συχνές οι προσβολές από εχινοκοκκίαση ή κυστικέρκωση, δεδομένης της πτωχής ατομικής υγιεινής και της πλημμελούς καθαριότητας των τροφίμων, ιδίως των λαχανικών. Σήμερα παρατηρούνται ακόμη, αν και σε μικρότερη κλίμακα. Μπορεί να απαιτηθεί χειρουργική επέμβαση για την αφαίρεση κύστεων στον εγκέφαλο. Διάγνωση γίνεται με αξονική/μαγνητική τομογραφία και ειδικές ορολογικές εξετάσεις. Υπάρχει και ειδική φαρμακευτική αγωγή.
Μυκητισιακές λοιμώξεις
Μπορεί να είναι αίτιο λοίμωξης από παθογόνους μύκητες, ή ευκαιριακές λοιμώξεις από μύκητες που κανονικά δεν προκαλούν λοιμώξεις, εκτός κι αν το ανοσοποιητικό σύστημα του ατόμου είναι κατεσταλμένο, όπως συμβαίνει σε πολλές κατηγορίες ασθενών που πάσχουν από άλλο σοβαρό χρόνιο νόσημα. Μύκητες όπως η candida albicans, ο ασπέργιλλος και ο κρυπτόκοκκος μπορεί να ευθύνονται για τις λοιμώξεις αυτές. Η διάγνωση γίνεται με αξονική/μαγνητική τομογραφία και εξέταση εγκεφαλονωτιαίου υγρού και η θεραπεία με αντιμυκητιασικά φάρμακα.
Επισκληρίδιο Απόστημα Εγκεφάλου
Πρόκειται για συλλογή πύου μεταξύ της σκληράς μήνιγγας και των οστών του κρανίου. Μπορεί να συνυπάρχει λοίμωξη του οστού. Η λοίμωξη μπορεί να είναι αποτέλεσμα επέκτασης από τους παραρρίνιους κόλπους (όπως σε ιγμορίτιδα). Η διάγνωση γίνεται με αξονική τομογραφία. Η θεραπεία γίνεται με χορήγηση αντιβίωσης για 6 βδομάδες και μπορεί να απαιτηθεί και χειρουργική διάνοιξη και καθαρισμός. Με έγκαιρη αντιμετώπιση η πρόγνωση είναι πολύ καλή.
Υποσκληρίδιο Εμπύημα Εγκεφάλου
Η φλεγμονή βρίσκεται μεταξύ της σκληράς μήνιγγας και του εγκεφάλου, οπότε ο εγκέφαλος είναι πολύ πιο ευάλωτος στον λοιμώδη παράγοντα. Το αίτιο είναι συνήθως μια παραμελημένη φλεγμονή των παραρρίνιων κόλπων, ένα κάταγμα κρανίου, μετεγχειρητική λοίμωξη, μηνιγγίτιδα και άλλα. Το εγκεφαλικό οίδημα (πρήξιμο του εγκεφάλου) που δημιουργείται είναι μια κατάσταση που απειλεί άμεσα τη ζωή του ασθενούς. Πρέπει να γίνεται έγκαιρη χειρουργική επέμβαση για καθαρισμό του πύου και αποσυμπίεση του εγκεφάλου, αλλιώς είναι μια κατάσταση που οδηγεί στο θάνατο του ασθενούς.
Ενδοεγκεφαλικό Απόστημα
Πρόκειται για συλλογή πύου μέσα στον εγκέφαλο. Μπορεί να προκληθεί μετά από λοιμώξεις των παραρρίνιων κόλπων, κρανιοεγκεφαλική κάκωση ή μεταφορά μικροβίων μέσω του αίματος. Η διάγνωση γίνεται με αξονική τομογραφία με χορήγηση σκιαγραφικού. Μερικές φορές αυτές οι βλάβες μοιάζουν με όγκο εγκεφάλου και η πρώτη επεμβατική προσέγγιση είναι η βιοψία της βλάβης. Αν το μέγεθος και η θέση τους πιέζουν τον εγκέφαλο απαιτείται χειρουργική αφαίρεση όλης της βλάβης και πάντοτε ο ασθενής λαμβάνει ισχυρή αντιβιοτική αγωγή για 6 βδομάδες. Απαιτούνται επαναληπτικές αξονικές τομογραφίες για επιβεβαίωση της αποτελεσματικότητας της θεραπείας.
Επισκληρίδιο εμπύημα νωτιαίου μυελού
Σε άτομα που έχουν κατεσταλμένο ανοσοποιητικό σύστημα ή έχουν υποστεί επέμβαση στην σπονδυλική στήλη ή επισκληρίδιο αναισθησία, οσφυονωτιαία παρακέντηση μπορεί να εμφανιστεί αυτή η λοίμωξη. Η πίεση του νωτιαίου μυελού προκαλεί χαρακτηριστική νευρολογική συμπτωματολογία και πρέπει να γίνει άμεση χειρουργική αποσυμπίεση για να διασωθεί η λειτουργικότητα του νωτιαίου μυελού. Η διάγνωση γίνεται με μαγνητική τομογραφία. Απαιτείται και μακροχρόνια χορήγηση αντιβιοτικών στα οποία να είναι ευαίσθητο το μικρόβιο που προκάλεσε τη λοίμωξη (καλλιέργειες-αντιβιόγραμμα).Η φυματίωση της σπονδυλικής στήλης μπορεί να προκαλέσει παρόμοια λοίμωξη.